19世纪末20世纪初是中国社会转型和法律变革的重要时期。光绪三十二年（1906年），清廷宣布“仿行立宪”、“变法修律”和“官制改革”。立宪变法运动不仅催生了中国近代法律体系，而且也促使新的司法制度和审判独立原则的诞生。官制改革引发的部院之争首次在制度建设和实践层面提出了审判独立原则。

部院之争的所谓“部”、“院”指的是法部和最高审判机关大理院。光绪三十二年九月二十日，官制改革谕旨“刑部著改为法部，专任司法；大理寺著改为大理院，专掌审判。”“法部尚书著戴鸿慈补授，左侍郎仍著绍昌补授，右侍郎著张仁黼补授”。“以沈家本为大理院正卿，定正卿秩正二品”。大理院置正卿、少卿为主官，下有刑科、民科推丞各一人，推事二十五人，余有典簿厅都典簿、典簿、主簿及录事。相较大理寺卿的品级，改制后的大理院正卿的地位显然提高了，但仍然低于各部尚书，仅与各部侍郎相当。作为最高审判机关，大理院从设立之日起就被定位在行政机构之下。这种定位显示出近代中国追求审判独立的艰难。

筹设大理院以及各级审判厅是清末司法改革的重心。光绪三十二年十月二十七日，沈家本先生主持的《大理院审判编制法》第六条对审判独立作了规定：“自大理院以下本院直辖各审判厅司，关于司法裁判，全不受行政衙门干涉，以重国家司法独立大权，而保人民身体财产。”同日奏进的《审判权限厘定办法折》，提出建立全国审判的四级三审制，将全国审判机构划分为大理院、高等审判厅、地方审判厅、乡谳局四级，明确了各自其中的权限。其中，大理院审理宗室官犯、抗拒官府、特交案件、不服高等审判厅判决的上诉案件。该折被清廷谕示：“如所议行”。1907年3月，天津设立了中国历史上第一个高等审判厅和地方审判厅，后又在城乡设立四处乡谳局。司法裁判与传统行政分立，揭开了中国近代司法体制改革的序幕。

部院之争的核心是司法权限之争。光绪三十三年四月三日（1907年5月14日），法部尚书戴鸿慈上《法部奏酌拟司法权限折》，拟就法部司法权限十二条。戴鸿慈认为，“司法者与审判分立，而大理院特为审判中最高一级。该审判权必级级独立，而后能保执法之不阿；而司法权则层层监督，而后能防专断之流敝。”法部的司法行政权，包括司法和行政两个权。司法权即“大辟之案，由大理院或执法司详之法部，一级秋、朝审大典，均听法部覆核；此外，恩赦、特典，则由法部具奏。”行政权“复析之曰区划权、曰调度权、曰执行权、曰任免权”。也就是说，所有“司法官吏之进退，刑杀判决之执行，厅局管辖地之划分，司直警察之调度”，均属法部行政权范畴。

将司法行政权分析为司法权和行政权，使法部权利范围得以扩展，包揽了应由大理院行使的审判权。法部所列十二条权限清单中，仅“大理院自定遣、军、流以下之件，由大理院自行具奏，咨报法部备案”。清廷批准了法部的办法。奏折和清单发至大理院，沈家本立刻作出反应。

光绪三十三年四月九日，沈家本上《酌定司法权限并将法部原拟清单加具案语折》，对法部办法予以批驳。沈家本指出，法部和大理院同属“司法之机关”，“法部所任系司法中之行政”，大理院“所掌系司法中审判”，界限分明，本无争议。沈家本指出，“各国裁判制度，皆以大审（理）院为全国最高裁判之地，定拟各案，惟死罪送交司法大臣执行，如情罪或有可原，则由司法大臣奏请减免，并无驳审之权”，而“今死罪必须法部覆核，秋朝审必须法部核定，权限未清，揆诸专掌审判之本意，似未符合”。至于法部提出要掌握大理院及各级审判厅之人员任免之权，沈家本指出：“至臣院推丞推事等官，必须得力人员，经臣等试验有素，而后量能使用，方足以鼓舞群材。若以他衙门之堂官而定此衙门之员缺，情形既未周知，而以本衙门之庶僚，更听他衙门之任用鉴别，恐难于允当。”鉴于法部方案已由上谕认可，未便推翻重来，沈家本最后提出“通融办法”：对大理院自定死刑之案及朝审册事宜，分别情形，由院、部分别审、核办理；而对于各级审判厅及奉旨速议之件，添入大理院会同具奏；至于大理官之推丞、推事各官，仍由大理院自主请简奏补，以责专成。

部院司法权限之争是在秋朝审继续实行的背景下发生的。法部仍然涉足重案和死罪案件的覆核。由部院共同分享死罪案件和重罪案件的终审权，是法部和大理院议争的共同底线。当司法改革逐步走向深入，作为最高审判机关的大理院，不可能坐视无法享有终审权的局面，于此同时，附着在法部这一司法行政机关之上的审判权被一点点地剥离也是大势所趋。因此，部院司法权限之争不仅仅涉及到部门之间的分工与合作，还直接关系到审判独立问题。

清廷对部、院的争吵大为恼火，光绪帝在沈家本的奏折后面批谕：双方“会同妥议，和衷协商，不准各执意见”。四月十二日，又进一步采取行政措施：“调大理院正卿沈家本为法部右侍郎，法部右侍郎张仁黼为大理院正卿。”所以调张仁黼，是因为法部发起这次争论的主要是张仁黼。经过“连日晤商”，法部和大理院相互妥协，很快于四月二十日上呈了《遵旨和衷妥议部院权限折》，提出大理院自定之死刑案件，经法部覆核后，由部院会同具奏；速议之件及汇案死罪之件，经部院驳正或覆核，再由部院具奏；大理院之推丞推事及附设之检查厅丞各官，均由部院会商请简请补等办法。部院之争至此告一段落。

部院之争的结果就是将大理院的司法行政权和法部的司法审判权逐步剥离，随着改革的逐步深入，这些问题渐次得到解决。宣统元年（1910年）二月七日《法院编制法》的颁布，基本上肯定并贯彻了四级三审制、审判独立、公开审判、合议制等进步的审判制度和原则。上谕“自此颁布法院编制法后，所有司法之行政事务，著法部认真督理，审判事务著大理院以下审判各衙门，各按国家法律审理。从前部、院权限未清之处，即著遵照此次奏定各节，切实划分”。宣统二年，行政机关与司法机关共同参与的秋朝审制度被废止。

时光荏苒。1911年5月，沈家本辞去法部左侍郎。1911年10月，袁世凯组阁任命沈家本为司法大臣。1912年，清帝退位，沈家本的仕途生涯也随之告终。沈家本关于审判独立的认识尽管缺乏严密的系统性，但其围绕审判独立原则所进行的制度设计工作还是取得了很大成绩。

鉴往知来。部院之争具有制度建设的积极内涵，其核心在于“如何划分司法审判权与司法行政权”，它所提出的问题贯穿了近代法律变革的整个过程，也是衡量司法改革成效的重要标尺。晚清司法改革已过百年。今天中国的民主政治和法治文明发展都已跃上了一个新台阶。对于这一问题的回答直接关涉到“在何种程度上实现依法独立行使审判权”，也就是“如何进行司法管理体制改革和审判权运行机制改革”。“人民法院依照法律规定独立行使审判权”是我国宪法中的规定。依法独立行使审判权即符合司法规律，也是法治底线。以依法独立行使审判权为核心的新一轮司法体制改革已经从制度建构进入障碍破除阶段，全面推进审判体系和审判能力现代化，确保审判机关依法独立公正行使审判权，既需要有改革的智慧，更考验着我们改革的勇气。